醫(yī)學生物信息學案例與實踐

基礎(chǔ)篇
第1章 生物信息學緒論
1．1 生物信息學概述
1．2 醫(yī)學生物信息學的主要研究內(nèi)容
1．3 醫(yī)學生物信息學面臨的挑戰(zhàn)
第2章 生物信息學數(shù)據(jù)庫
2．1 生物信息學數(shù)據(jù)庫簡介
2．2 基因數(shù)據(jù)庫
2．2．1 GenBank-NCBI核酸序列數(shù)據(jù)庫
2．2．2 DDBJ數(shù)據(jù)庫
2．2．3 EMBL數(shù)據(jù)庫
2．2．4 UniGene數(shù)據(jù)庫
2．3 蛋白質(zhì)數(shù)據(jù)庫
2．3．1 SWISS-PROT蛋白質(zhì)序列分析數(shù)據(jù)庫
2．3．2 PDB蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)庫
2．3．3 SCOP數(shù)據(jù)庫
2．4 突變數(shù)據(jù)庫
2．5 UCSC基因組瀏覽數(shù)據(jù)庫
2．6 OMIM數(shù)據(jù)庫
2．7 集成數(shù)據(jù)庫
第3章 核酸同源性序列比對的策略和方法
3．1 數(shù)據(jù)庫中的相似性搜索
3．2 雙序列比對
3．3 BLAST搜索實例
3．3．1 BLAST簡介
3．3．2 BLAST的操作步驟
3．4 分子進化與系統(tǒng)發(fā)生樹
3．4．1 分子進化
3．4．2 系統(tǒng)發(fā)生樹
3．5 下一代測序技術(shù)簡介
第4章 人類基因組變異數(shù)據(jù)庫及SNP關(guān)聯(lián)分析
4．1 SNP簡介
4．2 dbSNP數(shù)據(jù)庫簡介
4．3 SNP關(guān)聯(lián)分析
4．3．1 SNP關(guān)聯(lián)分析介紹
4．3．2 plink軟件批量實現(xiàn)SNP關(guān)聯(lián)分析
4．4 基因與基因互作分析
4．4．1 Logistic回歸分析
4．4．2 多因子降維法
4．4．3 決策樹分析
4．4．4 PIA算法構(gòu)建SNP-SNP互作網(wǎng)絡(luò)
4．4．5 基因與環(huán)境互作分析
4．5 基于數(shù)量性狀的SNP互作分析
4．6 基于SNP的系統(tǒng)進化樹分析
4．6．1 TNF-?-308G/A的系統(tǒng)進化樹分析
4．6．2 EPHX His139/Arg的系統(tǒng)進化樹分析
4．6．3 TNF-?-308G/A和EPHX His139/Arg聯(lián)合的系統(tǒng)進化樹分析
4．7 GWAS數(shù)據(jù)分析簡介及SNAP網(wǎng)絡(luò)工具
4．7．1 GWAS數(shù)據(jù)分析簡介
4．7．2 SNAP網(wǎng)絡(luò)工具
4．8 SNP功能分析的生物信息學方法
4．8．1 SNP功能分析
4．8．2 SNP功能預(yù)測分數(shù)——SIFT
4．8．3 SNP功能預(yù)測分數(shù)——PolyPhen-2
第5章 基因表達數(shù)據(jù)分析
5．1 cDNA芯片平臺與數(shù)據(jù)庫
5．1．1 cDNA芯片平臺介紹
5．1．2 基因芯片數(shù)據(jù)預(yù)處理
5．1．3 基因芯片數(shù)據(jù)處理與分析
5．2 RNA-seq測序技術(shù)及數(shù)據(jù)分析
5．2．1 RNA-seq測序技術(shù)
5．2．2 基于RNA-seq數(shù)據(jù)的差異表達基因分析
5．2．3 RNA-seq數(shù)據(jù)的外顯子水平差異分析
5．2．4 RNA-seq數(shù)據(jù)的可變剪切分析
第6章 基因功能與通路分析技術(shù)
6．1 基因功能富集分析
6．1．1 GO簡介
6．1．2 富集分析
6．1．3 DAVID網(wǎng)絡(luò)工具介紹
6．2 通路數(shù)據(jù)庫介紹
6．2．1 KEGG數(shù)據(jù)庫
6．2．2 其他通路數(shù)據(jù)庫簡介
6．3 疾病風險通路篩選
6．4 INVEX軟件介紹
6．5 隨機森林-通路分析法挖掘特征基因
6．5．1 隨機森林-通路分析法介紹
6．5．2 案例分析
6．5．3 數(shù)值實驗結(jié)果
第7章 miRNA數(shù)據(jù)分析
7．1 miRNA簡介
7．2 miRNA-靶基因靶向關(guān)系
7．3 miRNA數(shù)據(jù)資源
7．3．1 TarBase數(shù)據(jù)庫
7．3．2 miRBase數(shù)據(jù)庫
7．4 miRNA表達譜數(shù)據(jù)分析
7．5 結(jié)合SNP和miRNA表達譜探查疾病相關(guān)的miRNA
7．6 結(jié)合基因、疾病、通路和miRNA的ChemiRs網(wǎng)絡(luò)工具簡介
7．6．1 按照miRNA名稱進行搜索
7．6．2 按照基因列表進行搜索
第8章 DNA甲基化及表觀遺傳學數(shù)據(jù)分析
8．1 DNA甲基化相關(guān)知識介紹
8．1．1 CpG島預(yù)測算法
8．1．2 DNA甲基化檢測方法
8．2 DNA甲基化區(qū)域識別軟件——methyAnalysis軟件包應(yīng)用
8．3 腫瘤相關(guān)的DNA甲基化數(shù)據(jù)庫——MethHC網(wǎng)絡(luò)工具簡介
8．3．1 瀏覽高（低）甲基化基因
8．3．2 腫瘤樣本的甲基化水平聚類
8．3．3 基于基因搜索的DNA甲基化水平分析
8．4 DNA拷貝數(shù)變異分析
8．4．1 DNA拷貝數(shù)變異的概念
8．4．2 DNA拷貝數(shù)變異數(shù)據(jù)的分析軟件——Genovar
第9章 生物分子網(wǎng)絡(luò)
9．1 生物分子網(wǎng)絡(luò)介紹
9．1．1 基因轉(zhuǎn)錄調(diào)控網(wǎng)絡(luò)
9．1．2 蛋白質(zhì)互作數(shù)據(jù)
9．1．3 蛋白質(zhì)互作網(wǎng)絡(luò)——STRING數(shù)據(jù)庫介紹
9．2 網(wǎng)絡(luò)拓撲性質(zhì)介紹
9．3 拓撲性質(zhì)分析軟件介紹——NEXCADE
9．4 Cytoscape作圖軟件介紹
9．5 BioNet軟件包介紹
第10章 藥物基因組學
10．1 藥物基因組學的概念
10．2 藥物靶向識別
10．3 藥物靶向交互的網(wǎng)絡(luò)資源
10．4 基于劑量-效應(yīng)關(guān)系的藥物結(jié)合作用識別
提高篇
第11章 生物信息學綜合數(shù)據(jù)分析案例
11．1 案例分析1：應(yīng)用miRNA-mRNA失調(diào)關(guān)系優(yōu)化乳腺癌亞型相關(guān)的miRNA
11．1．1 數(shù)據(jù)準備
11．1．2 數(shù)據(jù)整合分析方法
11．1．3 數(shù)值實驗結(jié)果
11．2 案例分析2：多組學數(shù)據(jù)整合的腫瘤相關(guān)性研究
11．2．1 數(shù)據(jù)準備
11．2．2 數(shù)據(jù)整合分析方法
11．2．3 數(shù)值實驗結(jié)果
第12章 腫瘤亞型的系統(tǒng)化分析
12．1 數(shù)據(jù)類型
12．2 數(shù)據(jù)的導(dǎo)入和描述性分析
12．3 結(jié)合miRNA和mRNA表達譜對腫瘤樣本進行聚類獲得腫瘤亞型
12．4 3種亞型的差異性檢驗
12．5 特征基因選擇
12．6 整合生存數(shù)據(jù)分析
第13章 多組學數(shù)據(jù)的可視化
13．1 TCGA多組學數(shù)據(jù)的下載
13．2 多組學數(shù)據(jù)的可視化
參考文獻